Eu criei no Github um repositório chamado "Alura" e nele tem as pastas representando as formações e dentro das pastas de formações tem os projetos que podem ser criados do zero pelo meu pc ou podem vir do github de um fork meu. Se vier do meu fork, por exemplo, não devo clonar diretamente o projeto dentro da pasta de formação específica pois isso vai gerar um arquivo ".git" dentro do repositório "Alura" que também tem o ".git", o certo seria em vez de clonar diretamente, fazer com que seja um submódulo, pois se não fizer isso vai dar um "bug" na hora de enviar para o repositório "Alura" no github, o projeto vai ficar com um uma seta e quando clicarmos nele não vai abrir o repositório correto, simplesmente não vai acontecer nada.
Não sei se consegui explicar muito bem o "bug" que acontece, mas quem entender melhor esse fenômeno pode explicar melhor?