Oi Franklin,
Aí vai uma discussão que não tem uma resposta certa, pois é um tradeoff
a ser avaliado.
Na minha opinião não tem problemas em utilizar mapeamento via XML
. Muitas pessoas se incomodam com isso, pois acham um "retrocesso" voltar para XML. Mas eu particulamente prefiro isso do que "poluir" minhas classes de domínio com detalhes de infraestrutura.
Por mais que a JPA seja uma especificação, pode ocorrer a necessidade futura de não mais a utilizar no projeto(exemplo: migração para um BD NoSQL), sendo que isso não deveria impactar na camada de dominio da aplicação, pois as regras de negócio permanecem as mesmas, independente do mecanismo de persistência.
Por outro lado, é muito mais fácil e rápido utilizar a JPA diretamente nas classes de domínio :D
É uma discussão que vai longe e tem vantagens e desvantagens em ambas as decisões.
Bons estudos!