Por que ao criarmos o método transfere, temos que passar como parâmetro a class Conta, se o método já se encontra dentro da mesma?

Fala Rafael, Tudo bem ? Quando você recebe o parâmetro Conta destino, está recebendo uma referencia de conta, essa referencia indica um objeto. Por Exemplo:

Conta contaRafael = new Conta();
Conta contaTerceiro = new Conta(); 

contaRafael.transfere( 100.0, contaTerceiro );

// o que acontece no metodo
public boolean transfere( 100.0 , contaTerceiro ){
    if( contaRafael.saldo >= 100.0 ){
         contaRafael.saldo -= 100.0; 
        contaTerceiro.deposita(100.0); 
        return true; 
    } else {
         return false;
    }
}

Então no exemplo é passado uma conta que recebera o valor, por esse motivo é necessário que passe a conta dentro da própria classe.

Espero ter ajudado, abraço!