Para quem estiver com erro no Código Funcionários.

Da uma olhadinha neste, talvez ajude:

package br.com.alura.spring.data.service;

@Service
public class CrudFuncionarioService {

    private Boolean system = true;
    private final DateTimeFormatter formatter = DateTimeFormatter.ofPattern("dd/MM/yyyy");
    private final CargoRepository cargoRepository;
    private final FuncionarioRepository funcionarioRepository;
    private final UnidadeTrabalhoRepository unidadeTrabalhoRepository;

    public CrudFuncionarioService(FuncionarioRepository funcionarioRepository, 
            CargoRepository cargoRepository, UnidadeTrabalhoRepository unidadeTrabalhoRepository) {
        this.cargoRepository = cargoRepository;
        this.funcionarioRepository = funcionarioRepository;
        this.unidadeTrabalhoRepository = unidadeTrabalhoRepository;
    }

    public void inicial(Scanner scanner) {
        while(system) {
            System.out.println("Qual acao de funcionario deseja executar");
            System.out.println("0 - Sair");
            System.out.println("1 - Incluir");
            System.out.println("2 - Atualizar");

            int action = scanner.nextInt();

            switch (action) {
            case 1:
                salvar(scanner);
                break;
            case 2:
                atualizar(scanner);
                break;

            default:
                system = false;
                break;
            }

        }

    }

    private void salvar(Scanner scanner) {
        System.out.println("Digite o nome");
        String nome = scanner.next();

        System.out.println("Digite o cpf");
        String cpf = scanner.next();

        System.out.println("Digite o salario");
        Double salario = scanner.nextDouble();

        System.out.println("Digite a data de contratacao");
        String dataContratacao = scanner.next();

        System.out.println("Digite o cargoId");
        Integer cargoId = scanner.nextInt();

        List<UnidadeTrabalho> unidades = unidade(scanner);

        Funcionario funcionario = new Funcionario();
        funcionario.setNome(nome);
        funcionario.setCpf(cpf);
        funcionario.setSalario(salario);
        funcionario.setDataContratacao(LocalDate.parse(dataContratacao, formatter));
        Optional<Cargo> cargo = cargoRepository.findById(cargoId);
        funcionario.setCargo(cargo.get());
        funcionario.setUnidadeTrabalhos(unidades);

        funcionarioRepository.save(funcionario);
        System.out.println("Salvo");
    }

    private List<UnidadeTrabalho> unidade(Scanner scanner) {
        Boolean isTrue = true;
        List<UnidadeTrabalho> unidades = new ArrayList<>();

        while (isTrue) {
            System.out.println("Digite o unidadeId (Para sair digite 0)");
            Integer unidadeId = scanner.nextInt();

            if(unidadeId != 0) {
                Optional<UnidadeTrabalho> unidade = unidadeTrabalhoRepository.findById(unidadeId);
                unidades.add(unidade.get());
            } else {
                isTrue = false;
            }
        }

        return unidades;
    }

    private void atualizar(Scanner scanner) {
        System.out.println("Digite o id");
        Integer id = scanner.nextInt();

        System.out.println("Digite o nome");
        String nome = scanner.next();

        System.out.println("Digite o cpf");
        String cpf = scanner.next();

        System.out.println("Digite o salario");
        Double salario = scanner.nextDouble();

        System.out.println("Digite a data de contratacao");
        String dataContratacao = scanner.next();

        System.out.println("Digite o cargoId");
        Integer cargoId = scanner.nextInt();

        Funcionario funcionario = new Funcionario();
        funcionario.setId(id);
        funcionario.setNome(nome);
        funcionario.setCpf(cpf);
        funcionario.setSalario(salario);
        funcionario.setDataContratacao(LocalDate.parse(dataContratacao, formatter));
        Optional<Cargo> cargo = cargoRepository.findById(cargoId);
        funcionario.setCargo(cargo.get());

        funcionarioRepository.save(funcionario);
        System.out.println("Alterado");
    }

}

Precisa cadastrar Cargo e Unidade antes para poder relacionar. No cadastro de Funcionários ao fazer esta relação ele grava na tabela :