Olá Fausto, tudo bem? Espero que sim!
Desculpe pela demora em retornar.
O p-value é a probabilidade de se obter uma estatística igual ou mais extrema que aquela observada em um cenário em que a hipótese nula é verdadeira.
Quando comparamos uma amostra com a outra, o que fazemos na verdade é compararmos a diferença entre as estatísticas dessas amostras dado que a estatísticas das populações de onde foram retiradas são iguais. Ou seja, uma amostra A foi retirada de uma população 1 e uma amostra B foi retirada de uma população 2. Vamos comparar a diferença da estatística de A e B dado que essa estatística é igual para a população 1 e 2. Essa estatística poderia ser a média por exemplo.
Portanto representa uma probabilidade das amostras se encontrarem dentro das populações e não mede o quanto uma amostra se difere da outra.
Bons estudos!