Caro Thiago,
Obrigado pela postagem e parabéns pelo espírito de empreendedor eficiente associado ao teor da sua pergunta.
Sobre a possibilidade de qualquer profissional autônomo emitir nota fiscais, hoje ela já é uma realidade em todo o país desde que este profissional abra uma MEI para prestação de serviços ou venda de produtos. O que sem dúvida gera uma maior valor líquido final sobre um faturamento, do que se por exemplo o profissional emitir um RPA (recibo de prestação autônomo) ao invés da NFe.
Este exemplo que você citou de NFe é um dos diversos incentivos que são providos a empresas por Órgãos de Governo, no seu caso a Prefeitura da Cidade da SP.
Estes incentivos são importantes para atrair empreendedores a estabelecerem as sedes de seus negócios em determinada região visando absorver incentivos fiscais, conforme este citado na incidência da alíquota de ISS.
Sobre a questão de vantagens e desvantagens, pense no consumidor do serviço ou produto que ao obter um item com sua empresa, recebe também a possibilidade de acumular crédito para abatimento do IPTU dele. Você concorda que esta seria um marketing positivo para atrair e gerar benefício adicional deste consumidor com você?
Em termos de desvantagem, seria a necessidade de você ter que criar a manter um processo para manter seu cadastro com o Governo/Prefeitura sempre atualizado para poder usufruir do benefício e também realizar a emissão da NFe tendo seu cliente como beneficiário sempre ativo e tempestivo.
Por fim, sobre a alíquota de enquadramento que incide numa NFe, isto varia em função da localidade de onde sua empresa prestou o serviço, da política de incentivo associada a natureza econômica do seu negócio e ao volume de faturamento anual.
Enfim, como empreendedor é importante para todos conhecer estas possibilidades e oportunidades de inteligência fiscal que surgem no mercado para maximinizar os lucros de seus negócios.
Mas lembre-se tenha sempre um diálogo aberto com contadores e advogados que tem toda uma formação e especialização para te orientar no sucesso financeiro da sua empresa.
Bons estudos e negócios!