O mais correto é você declarar como List porque ambas as implementações LinkedList e ArrayList implementam a  interface List, deste modo,  graças ao Polimorfismo você pode utilizar um tipo menos especifico para declarar suas variáveis. Utilizando desta forma o retrabalho para modificar a de um tipo para o outro será quase nulo.
Exemplos:
List<String> nomes = new LinkedList<String>();
nomes.add("Eduardo");
nomes.add("Rafael");
for (String nome : nomes) {
    System.out.println(nome);
}
List<String> nomes = new ArrayList<String>();
nomes.add("Eduardo");
nomes.add("Rafael");
for (String nome : nomes) {
    System.out.println(nome);
}
Como você pode notar, na declaração utilizei apenas a interface List.