Solucionado (ver solução)
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Não consigo Editar aluno. A condição if sempre trata id como nulo, criando um novo.

FormularioActivity:

package br.com.barbara.agenda;

import ...

public class FormularioActivity extends AppCompatActivity {

    private FormularioHelper helper;

    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_formulario);

        helper = new FormularioHelper(this);

        Intent intent = getIntent();
        Aluno aluno = (Aluno) intent.getSerializableExtra("aluno");
        if (aluno !=null) {
            helper.preencheFormulario(aluno);
        }

    }

    @Override
    public boolean onCreateOptionsMenu(Menu menu) {
        MenuInflater inflater = getMenuInflater();
        inflater.inflate(R.menu.menu_formulario, menu);

        return super.onCreateOptionsMenu(menu);
    }

    @Override
    public boolean onOptionsItemSelected(MenuItem item) {
        switch (item.getItemId()) {
            case R.id.menu_formulario_ok:
                Aluno aluno = helper.getAluno();

                AlunoDAO dao = new AlunoDAO(this);
                if (aluno.getId() != null){
                    dao.altera(aluno);
                    System.out.println("Estou att");
                    } else {
                    dao.insere(aluno);
                    System.out.println("Estou inserindo");
                }
                dao.close();

                Toast.makeText(FormularioActivity.this, "Aluno " + aluno.getNome() + " salvo!", Toast.LENGTH_SHORT).show();

                finish();
                break;
        }

        return super.onOptionsItemSelected(item);
    }
}

AlunoDao:

package br.com.barbara.agenda.dao;

import ...

public class AlunoDAO extends SQLiteOpenHelper {

    public AlunoDAO(Context context) {
        super(context, "Agenda", null, 1);
    }

    @Override
    public void onCreate (SQLiteDatabase db) {
        String sql = "CREATE TABLE Alunos (id INTEGER PRIMARY KEY, nome TEXT NOT NULL," +
                " endereço TEXT, telefone TEXT, site TEXT, nota REAL);";
        db.execSQL(sql);
    }

    @Override
    public void onUpgrade(SQLiteDatabase db, int oldVersion, int newVersion) {
        String sql = "DROP TABLE IF EXISTS Alunos";
        db.execSQL(sql);
        onCreate(db);
    }

    public void insere(Aluno aluno) {
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();

        ContentValues dados = pegaDadosDoAluno(aluno);

        db.insert("Alunos", null, dados );
        }

    @NonNull
    private ContentValues pegaDadosDoAluno(Aluno aluno) {
        ContentValues dados = new ContentValues();
        dados.put("nome", aluno.getNome());
        dados.put("endereço", aluno.getEndereco());
        dados.put("telefone", aluno.getTelefone());
        dados.put("site", aluno.getSite());
        dados.put("nota", aluno.getNota());
        return dados;
    }

    public List<Aluno> buscaAlunos() {
        String sql = "SELECT * FROM Alunos;";
        SQLiteDatabase db = getReadableDatabase();
        Cursor c = db.rawQuery(sql, null);

        List<Aluno> alunos = new ArrayList<Aluno>();
        while (c.moveToNext()) {
            Aluno aluno = new Aluno();
            aluno.setId(c.getLong(c.getColumnIndex("id")));
            aluno.setNome(c.getString(c.getColumnIndex("nome")));
            aluno.setEndereco(c.getString(c.getColumnIndex("endereço")));
            aluno.setTelefone(c.getString(c.getColumnIndex("telefone")));
            aluno.setSite(c.getString(c.getColumnIndex("site")));
            aluno.setNota(c.getDouble(c.getColumnIndex("nota")));

            alunos.add(aluno);
        }
        c.close();

        return alunos;
    }

    public void deleta(Aluno aluno) {
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();

        String [] params = {aluno.getId().toString()};
        db.delete("Alunos", "id = ?", params);
    }

    public void altera(Aluno aluno) {
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();

        ContentValues dados = pegaDadosDoAluno(aluno);

        String[] params ={aluno.getId().toString()};
        db.update("Alunos", dados, "id = ?", params);
    }
}
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Olá, tudo bem ?

Mostra para gente sua classe aluno, receio que o problema esteja lá.

package br.com.barbara.agenda.modelo;

import java.io.Serializable;

public class Aluno implements Serializable {

    private Long id;
    private String nome;
    private String endereco;
    private String telefone;
    private String site;
    private Double nota;

    public Long getId() {
        return id;
    }

    public void setId(Long id) {
        this.id = id;
    }

    public String getNome() {
        return nome;
    }

    public void setNome(String nome) {
        this.nome = nome;
    }

    public String getEndereco() {
        return endereco;
    }

    public void setEndereco(String endereco) {
        this.endereco = endereco;
    }

    public String getTelefone() {
        return telefone;
    }

    public void setTelefone(String telefone) {
        this.telefone = telefone;
    }

    public String getSite() {
        return site;
    }

    public void setSite(String site) {
        this.site = site;
    }

    public Double getNota() {
        return nota;
    }

    public void setNota(Double nota) {
        this.nota = nota;
    }

    @Override
    public String toString() {
        return getId() + " - " + getNome();
    }
}

Barbara,

Eu imaginava que você não estivesse usando a classe Long e sim o primitivo, como não é isso, receio que o problema seja no seu helper, pois ele é quem pega o aluno para você salvar.

Posta para gente esse código para identificarmos

package br.com.barbara.agenda;

import android.widget.EditText;
import android.widget.RatingBar;

import br.com.barbara.agenda.modelo.Aluno;

public class FormularioHelper {

    private final EditText campoNome;
    private final EditText campoEndereco;
    private final EditText campoTelefone;
    private final EditText campoSite;
    private final RatingBar campoNota;

    private Aluno aluno;

    public FormularioHelper(FormularioActivity activity) {

        campoNome = (EditText) activity.findViewById(R.id.formulario_nome);
        campoEndereco = (EditText) activity.findViewById(R.id.formulario_endereco);
        campoTelefone = (EditText) activity.findViewById(R.id.formulario_telefone);
        campoSite = (EditText) activity.findViewById(R.id.formulario_site);
        campoNota = (RatingBar) activity.findViewById(R.id.formulario_nota);
        aluno = new Aluno();

    }

    public Aluno getAluno() {
        Aluno aluno = new Aluno();
        aluno.setNome(campoNome.getText().toString());
        aluno.setEndereco(campoEndereco.getText().toString());
        aluno.setTelefone(campoTelefone.getText().toString());
        aluno.setSite(campoSite.getText().toString());
        aluno.setNota(Double.valueOf(campoNota.getProgress()));

        return aluno;
    }

    public void preencheFormulario(Aluno aluno)  {
        campoNome.setText(aluno.getNome());
        campoEndereco.setText(aluno.getEndereco());
        campoTelefone.setText(aluno.getTelefone());
        campoSite.setText(aluno.getSite());
        campoNota.setProgress(aluno.getNota().intValue());
        this.aluno = aluno;
    }
}
solução!

Problema achado rs

Dá uma olhadinha aqui :

 public Aluno getAluno() {
        Aluno aluno = new Aluno();
        aluno.setNome(campoNome.getText().toString());
        aluno.setEndereco(campoEndereco.getText().toString());
        aluno.setTelefone(campoTelefone.getText().toString());
        aluno.setSite(campoSite.getText().toString());
        aluno.setNota(Double.valueOf(campoNota.getProgress()));

        return aluno;
    }

Você está criando uma nova instância de Aluno toda vez que chama esse método.

Não é necessário, já você cria no construtor, e quando é uma edição trocamos a referência.

Deleta essa linha e fala para gente se deu tudo certo

Deu certo, obrigada!