Metodo simples

Um for, sempre é dividdo em 3 passos:

A variável; O que você quer que aconteça; E em que condição isso deve ocorrer;

Nesse caso seu método imprime de 3 em 3 até que os números impressos sejam menores que 100 veja que sua variável i recebe 3, depois você declara que deve ser até menor que 100 e por último que esse incremento será de 3 em 3. Se você digitar esse código poderá notar melhor o que estou dizendo.

Dúvidas, poste aí. Espero ter ajudado.

Isso mesmo! Quando abrimos um for, estamos querendo executar uma ação de forma repetitiva, sendo que o número de repetições desta ação a ser feita se dará por uma condição booleana. Assim sendo, quando dizemos que i deve ser menor que 100, estamos dizendo para o programa que aquele bloco de código entre as chaves deve ser executado enquanto o valor da variável i for menor que 100. Vejamos o seu exemplo na prática:

class Teste {
    public static void main(String[] args) {
        for (int i = 3; i < 100; i += 3) {
            System.out.println(i);

        }
    }
}

Assim sendo, a variável i começa valendo 3. Pela condição booleana, i tem que ser menor que 100. i, que vale 3 é menor do que 100? Sim. Então ele entra no bloco do for e executa o que está dentro das chaves, que é a impressão do próprio valor de i. Depois, i vale ele mesmo mais 3. Com isso, 3 + 3 = 6. Agora i vale 6. 6 é menor do que 100? Sim. Então ele vai entrar no bloco de código do for novamente, e vai executar. Isso vai acontecer até que i não seja mais menor do que 100. Caso a dúvida persista, só postar novamente. É aprendendo que se ensina. Valeu!

Apenas para agregar mais aos meus colegas, numhumas das tres partes do FOR é obrigatória, sendo o seguinte código perfeitamente compilável e inútil kkkk:

for ( ; ;  ){

}

As três "sessões" do for são: Declaração; Condição Booleana; Comando a ser executado ao final da iteração:

for (int i = 3; i < 100; System.out.println(i)){ 
    i += 3;
}

Pode-se ainda declarar quantas variaveis desejar, contanto que sejam do mesmo tipo:

for (int i = 3, j =4; i < 100; System.out.println(i)){ 
     i += 3;
    System.out.println(j);
}

Apesar de os códigos parecerem estranhos, eles são versões compiláveis do nosso tradicional "for"