Olá Gabriel, tudo bem ^^.
Sua observação está correta, pela descrição do professor os dois conceitos são semelhantes.
Mas a idéia que ele quis passar acredito ser a seguinte:
O conceito de super-soma é mais fundamental dentro da teoria do gestalt (por isso ele explica super-soma primeiro), pois é a base para definir que não se pode conhecer um todo por meio apenas de suas partes, por que um todo é mais do que apenas a soma das mesmas, exatamente como o professor explicou, "A+B" (cabo + cabeça) não é apenas (A+B (um cabo com cabeça)) e sim um terceiro elemento "C" (um martelo) com suas próprias caracteristicas.
Já a ideia da unificação é um príncipio aplicado já com base nos conceitos teóricos existentes da gestalt, a unificação diz respeito a harmônia e simetria da forma, basicamente, quando existe um peso igual de pregnacia, proximidade, unidade e semelhança entre os elementos de uma forma você identifica perfeitamente uma unificação, a unificação possui níveis de classificação, tipo, uma boa unificação ou uma unificação ruim (o que não existe em super-soma, pois é a teoria da forma), um bom exemplo de unificação é uma mandala, que possui uma aplicação de proporções balanceadas em semelhança e proximidade (dois princípios da gestalt).
Espero ter elucidado a sua dúvida. São diferenças sutis mas significativas na interpretação das duas palavras e seus conceitos.
Um abraço.