Funcionario func =new Funcionario(); func.f1.nome; func.f1.rg; func.f2.nome; func.f2.rg;

Opa vi que você esta começando! Em aulas futuras será falado sobre isso porem irei explicar um pouco disso primeiro devemos ir na classe funcionário lá tem um construtor default que para gente é invisível porem para copilador é gerado:

public Funcionario(){
//Sem nada
}

porem podemos criar novos, só que deve tomar cuidado ao criar um novo o default que esta invisivel deixa de ser copilado por isso temos que fazer ele novamente

public Funcionario(){

}

com isso podemos fazer os constutores

public Funcionario(String nome, String cpf, double salario){
this.nome = nome;
this.cpf = cpf;
this.salario = salario;
}

assim na hora de criar vai funcionar assim

Funcionario f1= new Funcionario("Roberto", "1234568", 1000.00);

Criando um funcionario chamado Roberto, com cpf 1234568 e salario 1000 ! espero ter ajudado!