Pensei que o objetivo do diretório era armazenar nele não converter tudo dele. Pensando nisto meu código ficou da seguinte forma:
cat conversor_formato.sh
#! /bin/bash
read -p "Digite onde deseja armazernar suas imagens: " diretorio
read -p "Digite o caminho das imagens que deseja converter: " -a imagens
for imagem in "${imagens[@]}"; do
if [ ! -e "$imagem" ] || [ "${imagem##*.}" != "jpg" ]; then
echo "Imagem '$imagem' não existe ou não está no formato certo."
else
convert "$imagem" "$diretorio/$(basename " $imagem" .jpg).png"
echo "Imagem '$imagem' convertida com sucesso!"
fi
done
