Olá, boa noite! Uma das formas de fazer isso é usando atributos estáticos, ou seja, atributos que não pertencem a uma instância, mas sim a uma classe como um todo. Veja esse exemplo:

public class ContaBancaria {

    private String id;
    private static int totalDeContas = 0;

    public ContaBancaria() {
    // Aumentando o valor do atributo cada vez que uma nova conta é criada
        ContaBancaria.totalDeContas ++;

        // Fazendo a formatação da String para que o número seja preenchido com zeros até ocupar 3 casas decimais
        String id = String.format("%03d", ContaBancaria.totalDeContas);
        this.id = id;

        System.out.println(this.id);
    }

    public static void main(String[] args) {
        ContaBancaria conta1 = new ContaBancaria();

        ContaBancaria conta2 = new ContaBancaria();

        ContaBancaria conta3 = new ContaBancaria();

        System.out.println(ContaBancaria.totalDeContas);
    }
}

Quando colocamos ++ na frente de uma variável, estamos adicionando uma unidade em seu valor, é a mesma coisa que usar += 1. Em projetos reais, esse tipo de sequência é normalmente gerada automaticamente pelo banco de dados, a única coisa que precisamos fazer é definir qual é a estratégia para a criação do id, sendo que uma delas faz justamente essa sequência de acordo com a ordem de criação. Espero ter ajudado!