eu estou com os mesmos codigos que foram disponibilizados, pois achei mais facil, mas quando o tempo acaba e aparece o alert mesmo apos clicar em "ok" o alert volta e para toda a pagina

// amazonq-ignore-next-lineconst 
html = document.querySelector('html')
const focoBt = document.querySelector('.app__card-button--foco')
const curtoBt = document.querySelector('.app__card-button--curto')
const longoBt = document.querySelector('.app__card-button--longo')
const banner = document.querySelector('.app__image')
const titulo = document.querySelector('.app__title')
const botoes = document.querySelectorAll('.app__card-button')
const startPauseBt = document.querySelector('#start-pause')
const musicaFocoInput = document.querySelector('#alternar-musica')
const iniciarOuPausarBt = document.querySelector('#start-pause span')
const iniciarOuPausarBtIcone = document.querySelector(".app__card-primary-butto-icon") 
const tempoNaTela = document.querySelector('#timer')

// amazonq-ignore-next-line
const musica = new Audio('/sons/luna-rise-part-one.mp3')
const audioPlay = new Audio('/sons/play.wav');
const audioPausa = new Audio('/sons/pause.mp3');
const audioTempoFinalizado = new Audio('./sons/beep.mp3')

let tempoDecorridoEmSegundos = 25 * 60;
let intervaloId = null;

musica.loop = true

musicaFocoInput.addEventListener('change', () => {
    if(musica.paused) {
        musica.play()
    } else {
        musica.pause()
    }
})

focoBt.addEventListener('click', () => {
    tempoFormatado(25)
    alterarContexto('foco')
    focoBt.classList.add('active')
})

curtoBt.addEventListener('click', () => {
    tempoFormatado(5)
    alterarContexto('descanso-curto')
    curtoBt.classList.add('active')
})

longoBt.addEventListener('click', () => {
    tempoFormatado(15)
    alterarContexto('descanso-longo')
    longoBt.classList.add('active')
})

function alterarContexto(contexto) {
    mostrarTempo()
    // amazonq-ignore-next-line
    botoes.forEach(function (contexto){
        contexto.classList.remove('active')
    })
    html.setAttribute('data-contexto', contexto)
    banner.setAttribute('src', `/imagens/${contexto}.png`)
    switch (contexto) {
        case "foco":
            titulo.innerHTML = `
            Otimize sua produtividade,<br>
                <strong class="app__title-strong">mergulhe no que importa.</strong>
            `
            break;
        case "descanso-curto":
            titulo.innerHTML = `
            Que tal dar uma respirada? <strong class="app__title-strong">Faça uma pausa curta!</strong>
            ` 
            break;
        // amazonq-ignore-next-line
        case "descanso-longo":
            titulo.innerHTML = `
            Hora de voltar à superfície.<strong class="app__title-strong"> Faça uma pausa longa.</strong>
            `
        default:
            break;
    }
}

const contagemRegressiva = () => {
    if(tempoDecorridoEmSegundos <= 0){
        audioTempoFinalizado.play();
        // amazonq-ignore-next-line
        alert('Tempo finalizado!');
        const focoAtivo = html.getAttribute('data-contexto') == 'foco';
        if(focoAtivo){
            const evento = new CustomEvent('FocoFinalizado');
            document.dispatchEvent(evento);
        };
        zerar();
        return;
    };
    tempoDecorridoEmSegundos -= 1;
    mostrarTempo();
};

startPauseBt.addEventListener('click', iniciarOuPausar)

// amazonq-ignore-next-line
function iniciarOuPausar() {
    if(intervaloId){
        audioPausa.play()
        zerar()
        return
    }
    audioPlay.play()
    intervaloId = setInterval(contagemRegressiva, 1000)
    iniciarOuPausarBt.textContent = "Pausar"
    iniciarOuPausarBtIcone.setAttribute('src', `/imagens/pause.png`)
}

function zerar() {
    clearInterval(intervaloId) 
    iniciarOuPausarBt.textContent = "Começar"
    iniciarOuPausarBtIcone.setAttribute('src', `/imagens/play_arrow.png`)
    intervaloId = null
}

function mostrarTempo() {
    const tempo = new Date(tempoDecorridoEmSegundos * 1000)
    const tempoFormatado = tempo.toLocaleTimeString('pt-Br', {minute: '2-digit', second: '2-digit'})
    tempoNaTela.innerHTML = `${tempoFormatado}`
}

// amazonq-ignore-next-line
function tempoFormatado(Minutos) {
    // amazonq-ignore-next-line
    tempoDecorridoEmSegundos = Minutos * 1
}

mostrarTempo()