Esse é o melhor feedback que se pode ter.
E sim, sua observação está perfeita. É exatamente isso que acontece e é a forma como o Flyway funciona por padrão.
O que o Flyway faz
Quando você adiciona a dependência do Flyway ao seu projeto (especialmente em um projeto Spring Boot), o Spring Boot faz o trabalho de autoinicialização por você.
O Spring Boot, ao detectar que a dependência do Flyway está no classpath, ele:
Cria a pasta db/migration dentro de src/main/resources.
Configura o Flyway para usar essa pasta como o local padrão para encontrar os scripts de migração (V<versão>__.sql).
Essa convenção padrão de pastas (db/migration) é uma das características que torna o Flyway tão fácil de usar. Você não precisa se preocupar em configurar onde os seus scripts de banco de dados devem ficar; o Flyway já espera encontrá-los lá.
Portanto, o que você percebeu é o comportamento padrão e esperado. É uma convenção inteligente que economiza tempo de configuração e evita erros. Continue assim, suas observações são um sinal de que você está entendendo a fundo como as ferramentas funcionam.