[Dúvida] Boas práticas com Javadoc

Opa Luís! Tudo tranquilo e você?

Neste caso o javadoc e comentários são coisas distintas e possuem propositos diferentes.

Os comentários são utilizados para auxiliar o entendimento a nível de código. Que possui o intuito de prover informações ou explanações sobre as variáveis, métodos, classes ou alguma declaração. Como você citou o clean code, temos que utlizar sempre as boas práticas para evitar comentários no código.
O javadoc já são voltados para usuários da API (nos desenvolvedores), por exemplo alguma biblioteca. Esses comentários do javadoc devem ser usados para explicar como executar determinadas tarefas, quais são os resultados esperados, quando as exceções são lançadas e o que significam os valores de entrada. Dado um conjunto de documentação gerado por Javadoc, devo entender completamente como usar suas interfaces sem nunca olhar para uma linha de seu código.

Relacionado a documentação vou indicar algumas que são bastante usadas e que você pode explorar um pouco: