Oi Juliano, tudo bem contigo?
Baseado nos códigos do seu GitHub eu pude perceber que os itens do segundo contêiner estão, sim, alinhados à direita!
Isso porque na tag header você usou Flexbox e colocou que os filhos dele deveriam estar separados por space-between, ou seja, eles devem ter espaço somente entre eles dois (os contêineres no caso). Portanto, eu não nada para comentar sobre isso.
O que percebi que poderia ser alterado para separar mais eles, seria diminuir o padding dos itens com a classe container__imagem, pois 1em realmente da a impressão de que eles não estão alinhados à direita. Então eu só recomendaria que você trocasse esse trecho de código:
.container__imagem {
    padding: 1em;
}
Por esse outro aqui:
.container__imagem {
    padding: 0.5em;
}
span.cabecalho__menu-hamburguer.container__imagem {
    margin: 1rem;
}
Esse trecho de código CSS define estilos para duas classes diferentes: ".container__imagem" e "span.cabecalho__menu-hamburguer.container__imagem".
- ".container__imagem": - Define um espaçamento interno de 0,5em para elementos com a classe "container__imagem".
 
- "span.cabecalho__menu-hamburguer.container__imagem": - Define uma margem de 1rem para elementos <span>que tenham as classes "cabecalho__menu-hamburguer" e "container__imagem" simultaneamente.
 
Em resumo, o código define o espaçamento interno de 0,5em para elementos com a classe "container__imagem" e a margem de 1rem para elementos <span> que possuam as classes "cabecalho__menu-hamburguer" e "container__imagem" juntas.
Eu recomendo essa substituição para que fique mais fácil de visualizar o espaçamento entre os contêineres, mas isso é opcional tá.
Em suma era isso, o seu código está ótimo e eu particularmente amei ele.
Continue se dedicando em seus estudos e caso tenha dúvidas, estarei à disposição para te ajudar!
Abraços e bons estudos.