Excelente pergunta. Você vai encontrar diferentes opiniões na internet. (uma delas dentro do moz: https://moz.com/blog/the-international-seo-checklist)
Na internacionalização, primeiro você precisa definir um ponto: você quer focar em diferentes países ou diferentes línguas? É importante distinguir Argentina de Uruguai? Vale lembrar que, mesmo se não for tão importante, argentinos e uruguais podem acabar enxergando melhor seu site se eles tiverem domínios próprios e se utilizarem o espanhol do respectivo país, que sempre tem coisa que muda.
Acho que usar site.com.br/es deixaria usuários chateados. Mas mesmo site.com/es tem seus problemas: os crawlers vão considerar tudo o mesmo site e podem ter dificuldade em separar as coisas. Não à toa os grantes sites preferem en.site.com e es.site.com, mesmo perdendo o possível efeito de aglomerar os links para o mesmo domínio, quebrando as referências em subdominínios diferentes. Eu iria para essa abordagem.
vale lembrar aquela máxima: google é esperto o suficiente e será pequena a diferença entre organizar seu site assim ou de outra maneira.