Olá Priscila,
No nosso caso, o problema era que as histórias de usuário não tinham informação suficiente para que fosse possível medir o tamanho do software utilizando a Análise por Pontos de Função. Pois precisávamos de mais detalhes do requisito (algo como um caso de uso) e as telas do sistema, por exemplo. Então, para o nosso caso, a única forma de evitar o problema seria já fazer a documentação mais completa desde o início, nós começamos com pouca documentação e incluimos mais um documento e informações, até chegar num nível que consideramos aceitável. Mas, levando em conta o que preconiza a metodologia ágil, acredito que cada situação exigirá um nível de documentação diferente.
Não sei se fui claro.