Oi Thiago tudo bem?
Então não é para ter questionamento de cotas no futuro pois isso é definido no contrato social.
Agora para distribuir essas cotas pode ser levado vários fatores em conta entre eles, capital de entrada, know-how dos sócios, tempo de dedicação ao trabalho, tecnologias que um sócio vai trazer, carteira de clientes de um dos sócios, entre outros.
O importante é ser racional nessa hora, evitar coisas vou abrir um negócio com um parente, vou entrar com todo capital e dar metade das cotas para ele. Nesse caso o recomendado é que ele entre nem que seja com mil reais e então dê uma porcentagem de cotas relativa ao que ele investiu e dê um pró-labore que ache justo pelo esforço do trabalho.
Contrato social é a decisão mais importante depois do casamento, pois os sócios basicamente estão casando sua vida profissional nessa hora. É importante ter um contrato social bem feito.
Espero ter ajudado!!!