Olá Thales, tudo bem?
Thales, quando você insere o "Line breakpoint" dando um duplo clique no número da linha do código, você está definindo uma linha de parada. Você pode inserir diversos pontos de parada para depurar. Mas no caso, foi inserido um apenas, então o programa ao iniciar o debug (depuração) irá parar na linha marcada "Line breakpoint" com a bolinha azul.
As teclas de atalho para facilitar são:
F6 -> executa a linha atual
F5 -> Executa o método atual
F8 -> Resume (Continua a execução normal até um próximo breakpoint, caso tenha).
Ctrl+F2 -> Terminate (Encerra a depuração)
No caso, se você pressionar F6 numa linha
System.out.println("teste"); o comando será executado.
Se você pressionar F5 numa linha System.out.println("teste"); ele irá chamar o método println,.
Talvez a diferença que você esteja verificando seja essa.
Faça o teste usando F6 para as linhas if, for, print, e F5 para os métodos.
Talvez fique mais claro.
Bom, espero ter sido claro.
Bons estudos
Silvio