Oi Felipe, como vai?
Você pode sempre utilizar a ferramenta de alinhamento do illustrator com a opção de alinhar ao objeto chave, além de ligar as guias inteligentes (ctrl U) que sinalizarão tangentes, intersecções e alinhamentos para ajudar na visualização. Você pode ligar também o "encaixar no ponto" e os snappings do mesmo em "exibir", do menu do topo do software.
Quanto à distribuição dos círculos no logo do Twitter, ela não é feita de forma aleatória: você toma decisões ao alocá-los, visando representar um pássaro (no caso suas asas), utilizando as linhas de círculos de tamanhos pré-definidos, dentro da proporção áurea. Desta forma, por mais que não siga uma linha externa nem uma estrutura visível, o uso destes círculos já cria uma estrutura harmônica porque todas as linhas derivam de formas de tamanhos proporcionais entre si.
Claro que ali há um trabalho ativo do designer em não complicar muito as formas do desenho final, afinal de contas, quanto mais simples for a silhueta, mais perceptível será a harmonia acima mencionada. Formas extremamente complexas, mesmo feitas a partir de elementos harmônicos, dificultam essa percepção.
Espero ter ajudado. Um abraço =)