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Biokit não roda no Anaconda

Estou tentando baixar o pacote da mesma forma que o professor fala na aula, com o pip install, mas não vai.

Já procurei no stackoverflow e também não achei nenhuma resposta que me ajudasse.

''' ERROR: Command errored out with exit status 1: command: 'C:\Users\lucas\Anaconda3\python.exe' -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'C:\Users\lucas\AppData\Local\Temp\pip-install-ua_1f80c\pysam\setup.py'"'"'; file='"'"'C:\Users\lucas\AppData\Local\Temp\pip-install-ua_1f80c\pysam\setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(file);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, file, '"'"'exec'"'"'))' egg_info --egg-base 'C:\Users\lucas\AppData\Local\Temp\pip-pip-egg-info-b55t6nbf' cwd: C:\Users\lucas\AppData\Local\Temp\pip-install-ua_1f80c\pysam Complete output (23 lines):

# pysam: cython is available - using cythonize if necessary
# pysam: htslib mode is shared
# pysam: HTSLIB_CONFIGURE_OPTIONS=None
'.' não é reconhecido como um comando interno
ou externo, um programa operável ou um arquivo em lotes.
'.' não é reconhecido como um comando interno
ou externo, um programa operável ou um arquivo em lotes.
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "C:\Users\lucas\AppData\Local\Temp\pip-install-ua_1f80c\pysam\setup.py", line 240, in <module>
    htslib_make_options = run_make_print_config()
  File "C:\Users\lucas\AppData\Local\Temp\pip-install-ua_1f80c\pysam\setup.py", line 68, in run_make_print_config
    stdout = subprocess.check_output(["make", "-s", "print-config"])
  File "C:\Users\lucas\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 411, in check_output
    return run(*popenargs, stdout=PIPE, timeout=timeout, check=True,
  File "C:\Users\lucas\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 489, in run
    with Popen(*popenargs, **kwargs) as process:
  File "C:\Users\lucas\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 854, in __init__
    self._execute_child(args, executable, preexec_fn, close_fds,
  File "C:\Users\lucas\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 1307, in _execute_child
    hp, ht, pid, tid = _winapi.CreateProcess(executable, args,
FileNotFoundError: [WinError 2] O sistema não pode encontrar o arquivo especificado
# pysam: htslib configure options: None
----------------------------------------

ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command output.

2 respostas

Tenho o mesmo problema

Tive o mesmo problema, mas foi contornado. A instalação só ocorreu pela instrução:

conda install -c bioconda biokit

Outro problema é a versão. A versão atual do biokit (0.4.6) não é compatível com o Windows 10 que estou utilizando. Assim, tive que procurar uma versão compatível: 0.4.2. Assim, uma opção é definir a versão de instalação pelo pip:

pip install biokit=="0.4.2"

ou

pip install --upgrade biokit=="0.4.2"

No meu ambiente (Anaconda 3, Windows 10, 64 bits e GPU ) funcionou.

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