Primeiro:
Criar uma tabela no banco com os dados do excel (Ex.: tabela_atualizacao).
Segundo:
Criar uma estratégia para executar as atualizações em partes de acordo com os padrões desejados (Ex.: registros com características condições X atualizar colunas A, B,C.. registros com características condições Y colunas D, E,F....)
Terceiro:
Executar o comando update relacionando a tabela_atualizao e a tabela que deve ser atualizada, realizando ciclos de atualização de acordo com as regras.
Sugestões:
-Usar transações para que se possa validar os dados atualizados durante o processo de UPDATE (Mais indicado)
-Fazer um cópia da tabela ou backup antes das alterações
Att