Considerando que a divisão em pacotes, módulos, pastas, etc.. é apenas uma maneira visual de organizar o código e que o mais importante é a organização objetiva do vários componentes da aplicação. Podemos considerar só de usar o Spring como framework, criando nossos repositories, nossos controllers, nossos services para criar os use cases, etc.. estamos usando diretamente a arquitetura limpa?
Ola Willams.
Os frameworks normalmente forçam, de certa forma, a divisão de MVC, até pelos nomes que eles utilizam já encaixar perfeitamente nesse tipo de abordagem. No entanto, ela não é a única, e podemos ainda fazer classes com alto acoplamento e baixa coesão mesmo utilizando frameworks, ou seja, ainda podemos fazer muito codigo não limpo mesmo com eles.
O livro sobre código limpo nos dá várias dicas além dos frameworks, passando até mesmo por nomes de variáveis.