Segue minha versão que no final das contas dá o mesmo resultado, porém, com alguns pontos mais enxutos:
<meta charset="UTF-8">
<canvas width="600" height="400"></canvas>
<script>
function desenhaCirculo(x, y, raio, cor) {
pincel.fillStyle = cor;
pincel.beginPath();
pincel.arc(x, y, raio, 0, 2 * 3.14);
pincel.fill();
}
function desenhaQuadrado(x, y, tamanho, cor) {
pincel.fillStyle = cor;
pincel.fillRect(x, y, tamanho, tamanho)
pincel.fill();
pincel.strokeStyle = 'black';
pincel.strokeRect(x, y, tamanho, tamanho);
}
function lidaComMovimentoDoMouse(evento) {
var x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
var y = evento.pageY - tela.offsetTop;
if(desenha && !areaPaleta(x, y)) {
desenhaCirculo(x, y, 5, corAtual);
}
}
function verificaTrocaDeCor(evento){
var x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
var y = evento.pageY - tela.offsetTop;
if (areaPaleta(x, y)){
if (x < xVerde){
corAtual = "red";
} else if (x < xAzul) {
corAtual = "green";
} else {
corAtual = "blue";
}
}
}
function areaPaleta(x, y){
return (x < 154 && y < 54);
}
var tela = document.querySelector('canvas');
var pincel = tela.getContext('2d');
pincel.fillStyle = 'lightgray';
pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);
var desenha = false;
let corAtual = 'blue';
const xVermelho = 0;
const xVerde = 50;
const xAzul = 100;
desenhaQuadrado(xVermelho, y = 0, tamanho = 50, 'red');
desenhaQuadrado(xVerde, 0, 50, 'green');
desenhaQuadrado(xAzul, 0, 50, 'blue');
tela.onmousemove = lidaComMovimentoDoMouse;
tela.onmousedown = () => {desenha = true};
tela.onmouseup = () => {desenha = false};
tela.onclick = verificaTrocaDeCor;
</script>