Thiago, os relacionamentos afetam o poscionamento de FKs (foreign keys - chaves estrangeiras). Decidir o tipo de relacionamento é justamente decidir onde ficam essas chaves e dizer como as tabelas se relacionam. Ex.:
Considere duas entidades: Aluno e Notas
Considere que em nossa escola, 1 aluno tem muitas Notas, mas a nota é vinculada a um unico aluno.
então temos um relacionamento 1:N (OneToMany), logo a tabela nota deve ter o id do aluno que tem vinculo.
Considere agora que em 1 Aluno está em um unico curso e cada curso possui muitos alunos.
Do ponto de vista do aluno N:1 (ManyToOne), a chave do curso deve estar no aluno.
Considere que nossa regra diz que 1 aluno tem muitas Cursos e 1 Curso tem muitos alunos;
Logo temos um relacionamento N:N muitos para muitos, o qual cria uma tabela intermediaria com o relacionamento da chave do aluno e do curso.
Resumidamente, depende do nosso contexto e da regra de negócio e qual angulo olhamos. Decidir o relacionamento afeta a forma como os dados se relacionam. Falando a nível de banco, é decidir onde a chave quando O MER vira um DER, em APIs de ORM como Hibernate, isso é definido no código de mapeamento.