Olá. Estou desenvolvendo uma aplicação utilizando Slim PHP, Doctrine para persistir os dados e Docker para rodar tudo.
O problema é que está inserindo duas vezes, por algum motivo.
Breve explicação:
arquivo: https://github.com/GustavoFSoares/hospital/blob/master/server/public/teste.php
use HospitalApi\Model\UsuarioModel;
use HospitalApi\Entity\Usuario;
$u = new Usuario();
$u->setEmail('gustavo10.fsoares@gmail.com');
$model = new UsuarioModel();    
$model->insert($u);
Um new no Usuário que cria o Objeto da Classe, a Model tem os métodos do Doctrine implementados para fazer o insert. 
public function insert($user) {
            $this->_em->persist($user);
            $this->_em->flush();
        }
Este trecho é do AbstractModel: https://github.com/GustavoFSoares/hospital/blob/master/server/src/HospitalApi/Model/AbstractModel.php
Já verifiquei o objeto antes da inserção e suspeito de algum erro nas libs do framework, mas como é pouco provável estou procurando ajuda