Boa tarde Bruno!
No meu caso está um pouco diferente pois fiz o curso de MySQL, mas o princípio é o mesmo.
A diferença entre as 2 queries é que a query A faz um join na tabela de matriculas, enquanto a query B não faz.
Um aluno pode estar matriculado em mais de um curso.
Se você executar a query A terá um resultado:
MariaDB [sql2]> select a.nome, c.nome, avg(n.nota) from nota n
-> join resposta r on r.id = n.resposta_id
-> join aluno a on a.id = r.aluno_id
-> join matricula m on m.aluno_id = a.id
-> join curso c on c.id = m.curso_id
-> group by c.nome, a.nome;
+----------------+---------------------------------+-------------+
| nome | nome | avg(n.nota) |
+----------------+---------------------------------+-------------+
| Frederico José | Desenvolvimento web com VRaptor | 6.2500 |
| Renata Alonso | PHP e MySql | 4.8571 |
| Alberto Santos | Scrum e métodos ágeis | 5.7778 |
| Frederico José | SQL e banco de dados | 6.2500 |
| João da Silva | SQL e banco de dados | 6.2857 |
+----------------+---------------------------------+-------------+
5 rows in set (0.06 sec)
Se executar a query B terá outro resultado:
MariaDB [sql2]> select a.nome, c.nome, avg(n.nota) from nota n
-> join resposta r on r.id = n.resposta_id
-> join exercicio e on e.id = r.exercicio_id
-> join secao s on s.id = e.secao_id
-> join curso c on c.id = s.curso_id
-> join aluno a on a.id = r.aluno_id
-> group by c.nome, a.nome;
+----------------+-----------------------+-------------+
| nome | nome | avg(n.nota) |
+----------------+-----------------------+-------------+
| Renata Alonso | PHP e MySql | 4.8571 |
| Alberto Santos | Scrum e métodos ágeis | 5.7778 |
| Frederico José | SQL e banco de dados | 6.2500 |
| João da Silva | SQL e banco de dados | 6.2857 |
+----------------+-----------------------+-------------+
4 rows in set (0.00 sec)
MariaDB [sql2]>
Repare que o aluno Frederico José aparece 2 vezes na query A, mas não na query B.
Quando você faz um join na tabela de matriculas, você traz 2 registros para esse aluno, já que ele está matriculado em 2 cursos.