Olá.
Robson, acho que a pergunta dele foi mais em questão da necessidade de utilizar o JOIN em duas tabelas, sendo que sem esse JOIN o resultado está sendo o mesmo.
Bom Henrique, a resposta é sim, poderia sim causar problemas futuramente, mas isso sempre depende do que você quer trazer.
Imagine uma tabela chamada Livro que contenha as colunas ID, Nome e AutorID, e outra tabela chamada Autor, com as colunas ID e Nome. Vamos pensar no INNER JOIN entre elas, onde eu quero buscar apenas o nome dos autores:
SELECT a.Nome AS 'Nome do Autor'
FROM Autor AS a INNER JOIN Livro AS l
ON (a.ID = l.AutorID)
Você aprendeu que quando fazemos um SELECT com INNER JOIN entre as tabelas, se não especificarmos as colunas, a busca vai retornar todas as colunas de tabelas as tabelas que estiverem fazendo INNER JOIN. Entretanto, o INNER JOIN serve justamente para trazermos registros que estejam atrelados através das tabelas. No exemplo que eu dei acima, quero retornar nomes de autores, porém não quero simplesmente o nome de todos autores, pois se fosse isso eu dava só um SELECT na tabela Autor. O que eu quis com essa query com INNER JOIN foi trazer todos os autores que tenham livros publicados. Ali no "ON (a.ID = l.AutorID)" eu defini isso. Ou seja, se algum autor não tiver livro publicado, seu nome não será retornado na busca e, em muitos casos, é exatamente isso que você quer.
No caso do seu exercício o resultado continua sendo o mesmo porque, além de você não buscar nenhuma coluna das tabelas que retirou, os registros que você associou no INNER JOIN com cada tabela estão corretos. Ou seja, nesse INNER JOIN ...
join exercicio e on e.id = r.exercicio_id
... você só traz registros quando os IDs dos exercícios existirem na coluna "exercicio_id" da tabela de respostas. Como eles sempre existem, no INNER JOIN sempre retorna eles. Sem o INNER JOIN, também retornará. Agora, se você tirar o ID de um exercício válido lá da coluna "exercicio_id", na tabela resposta (pode ter mais de uma ocorrência, teria que tirar as ocorrências), vai ver que ele não será mais retornado.
[]'s.