Olá, Bruno! Tudo bem? =)

Basicamente, a medida em é relativa ao elemento pai, mas se você definir uma font-size para o próprio elemento, essa medida será tomada como base... Pegando o seu próprio exemplo, vamos supor um HTML assim:

<section>
    <p>Exemplo de parágrafo.</p>
</section>

E o seguinte CSS:

section {
    font-size: 30px;
}

p {
    font-size: 20px;
    margin: 1em;
}

O valor da margem do parágrafo será de 20px! Ele seria 30px caso não tivéssemos definido nenhum font-size para o próprio <p>, sacou? =)

E com relação aos casos de uso... Uma vez me disseram que toda resposta inteligente para qualquer pergunta não trivial começa com "depende", então depende. Rs. Medidas relativas são muito boas caso você deseje criar uma página responsiva, pois torna o aumento e diminuição da fonte mais fluido. Eu, particularmente, sempre uso em, rem e outras medidas relativas, mas se não for de seu interesse criar um site responsivo, você pode, sim, utilizar px, afinal você ganha um tempo por não ter que ficar fazendo as contas... =)

Espero ter ajudado, mas qualquer dúvida, posta aqui que o ajudaremos! =)

Abraço e bons estudos,

Fábio