consegui resolver peguei os arquivos do bootstrap, coloquei nas resources e na pasta js, coloquei meu arquivo. Como eu tinha feito tudo in line para testar ai ele não estava reconhecendo o conteúdo do arquivo. O problema agora e que quando carrego minha combo e passo o id para controller retornar os dados da próxima, ela carrega normal, só que quando eu seleciono alguma opção dessa segunda combo ela fica com todas opçoes Object Objetc 
    $("#divSetor").hide();
    $("#divCategoria").hide();
    $("#divFamilia").hide();
    $("#divSubFamilia").hide()
    $(document).ready(function() {
        $('#CmbDepartamento').change(function() {
            var seleci = $("#CmbDepartamento").val();
            var comboset = document.getElementById('CmbSetor');
            $("#divCategoria").hide();
            $("#divFamilia").hide();
            $("#divSubFamilia").hide()
            if (seleci == 0) {
                comboset = $("#CmbSetor").empty();
                $("#divSetor").hide();
                $("#divCategoria").hide();
                $("#divFamilia").hide();
                $("#divSubFamilia").hide()
                alert("Selecione um Departamento");
            } else {
                $.ajax({
                    type : 'POST',
                    url : '/Preconizado/departamento/comboSetor',
                    dataType : 'JSON',
                    data : ({
                        id : seleci
                    }),
                    success : function(data) {
                        $("#divSetor").show();
                        carregaCombo(data, comboset);
                    },
                    error : function(data) {
                        console.log("erro na funçao");
                    }
                });
            }
        });
    });
function carregaCombo(data, combo) {
        var listaDados = data; // Lista retornada pelo banco
        var comboSetor = document.getElementById('CmbSetor');
        var comboCategoria = document.getElementById('CmbCategoria');
        var comboFamilia = document.getElementById("CmbFamilia");
        var comboSubFamilia = document.getElementById("CmbSubFamilia");
        var combobox = combo;
        if (combobox == comboCategoria) {
            combobox = $("#CmbCategoria").empty();
            $("#CmbCategoria")
                    .prepend(
                            "<option value='' selected='selected'>---Selecione Categoria---</option>");
            for (var i = 0; i < listaDados.length; i++) {
                combobox.append($('<option>', {
                    value : listaDados[i].cod_categoria,
                    text : listaDados[i].categoria
                }));
            }
        } else if (combobox == comboSetor) {
            combobox = $("#CmbSetor").empty();
            $("#CmbSetor")
                    .prepend(
                            "<option value='' selected='selected'>---Selecione Setor---</option>");
            for (var i = 0; i < listaDados.length; i++) {
                combobox.append($('<option>', {
                    value : listaDados[i].cod_setor,
                    text : listaDados[i].setor
                }));
            }
        }