Olá, Diego, tudo bem?
Uma forma de obter esse resultado é utilizando as funções LEN e STUFF, como mostro abaixo:
SELECT *
FROM CLIENTES
WHERE LEN(telefone) = 12;
A função LEN é utilizada para retornar o comprimento de uma string, neste caso, só serão retornados os registros onde no campo telefone a quantidade de caracteres seja igual a 12:
SELECT STUFF(telefone, 5, 0, '9') as Novo_Numero
FROM CLIENTES
WHERE LEN(telefone) = 12;
A função STUFF é utilizada para inserir uma string dentro de outra string, a partir de uma posição especificada.
Associada a função LEN, a função STUFF vai inserir o caractere 9, na posição 5, para o campo telefone onde a quantidade de caracteres armazenados seja igual a 12.
Para atualizar o campo telefone definitivamente, você pode utilizar o comando UPDATE:
UPDATE clientes SET telefone = STUFF(telefone, 5, 0, '9')
WHERE LEN(telefone) = 12;
A título de curiosidade, caso queira ver um pouco mais a respeito da função STUFF, e da função LEN, indico a leitura da documentação do SQL Server.
Espero ter ajudado e bons estudos!