Certo, a modelagem do Mongo é baseada em documentos, então você não tem linhas, colunas e tabelas. Você tem coleções que funcionam como pastas com documentos dentro.
Os documentos não possuem schema até onde sei, então você perde algumas garantias que os bancos relacionais te proveem. Exemplo? Regras de que determinados campos só podem receber determinados valores (id só pode ser inteiro, você não tem essa garantia)
Em relação as ferramentas auxiliares, bom, em BI com certeza você usa algo específico que se conecta com o banco e faz alguma análise. Considerando que essas ferramentas esperam um ambiente conhecido e bem estruturado, você pode acabar com problemas por que os seus dados no NoSQL não garantem essa estrutura (em base).