Olá Nelson,
A expressão x²-9 é o mesmo que (x-3)(x+3) para qualquer número real x.
Já a divisão (x-3)(x+3)/(x-3) só pode existir caso x seja um número real diferente de 3. Portanto a conta só pode avançar com a divisão e retornar x+3 caso coloquemos como hipótese de que o nosso domínio seja os números reais com exclusão do 3.
Uma função é definida tanto por sua expressão algébrica como pelo seu domínio. Portanto, as funções podem ser consideradas equivalentes caso você esteja trabalhando no mesmo domínio R - {3}.
Portanto, podemos definir uma função f:R -> R, com expressão algébrica f(x) = x+3 e outra função g: R - {3} -> R, com a mesma expressão algébrica g(x) = x + 3 e mesmo assim essas funções serão distintas, uma vez que a definição da função depende tanto do domínio quanto da expressão algébrica.
Portanto f(x) = (x²-9)/(x-3) e g(x) = x + 3 só serão equivalentes se g for definida com o domínio g: R - {3} -> R. Caso você defina g:R -> R, essas funções não serão equivalentes devido ao ponto (3,6) que está definido na reta x+3 mas não está definido na função (x²-9)/(x-3).
Espero que tenha tirado sua dúvida.