Eu consegui fazer já. Mais a ideia é essa: Pensa bem, se eu tenho uma empresa que contém vários funcionários é normal eu ter vários pagamentos também, pois cada Funcionário terá seu próprio pagamento correto? A minha dúvida era essa se dava para colocar tudo em um mesmo array, ou seja, funcionário e pagamentos. Tratando - se de objeto é possível. Veja bem:
class DescricaoEmpresa {
Funcionario2[] funcionariosArray;
Pagamentos pagamentos;
String nomeEmpresa;
String cnpjEmpresa;
String contatoEmpresa;
empresa.funcionariosArray[0].funcionarioPessoa = new PessoaFuncionario();
// Aqui eu seto o array para receber o pagamento também.
empresa.funcionariosArray[0].pagamentos = new Pagamentos();
// Entrada de dados do pagamento...
// informaçoes do salário...
empresa.funcionariosArray[0].pagamentos.salarioFuncionario(100.0);
empresa.funcionariosArray[0].pagamentos.funcionarioRecebeAumento(50.0);
Entendeu? Ficaria mais organizado com 2 arrays, realmente. Mais ai, já teria outro problema, fazer a varredura dos dois arrays para identificar que uma posição daquele array é de um determinado funcionário..