[Dúvida] Organização das pastas

Oi, Liana. Tudo bem?

Você pode ter o diretório do seu projeto PHP e dentro dele um arquivo Dockerfile que define a imagem do seu projeto. Você pode fazer o build da imagem separadamente e colocar o nome dela para ser usado no docker-compose.yml como fazemos com imagens públicas, ou definir que a imagem deve ser construída em tempo de execução do Docker Compose, assim:

services:
  database:
    image: mysql

  backend:
    image: minha-imagem
    build:
      context: .
      dockerfile: Dockerfile

Dessa forma, com base no dockerfile do seu projeto, a imagem seria construída. Mas você pode também fazer o build da imagem antes e apenas passar o nome que você gerou pra ela no docker-compose.yml.

Seria um arquivo de Dockerfile, outro docker-compose.yml e os arquivos do seu projeto.

Espero ter ajudado. Bons estudos.