Lucas,
Realmente é uma boa pergunta... eu acredito que é somente o fato de você NÃO ter especificado no GROUP BY que queria também um tratamento especial do ANO da DATA_VENDA que foi colocado na cláusula HAVING. Em outras palavras, se você quiser usar desta forma precisa declarar suas escolhas na cláusula GROUP BY também.
Por favor, experimente assim:
SELECT * ,
COUNT(CPF) AS CONTAGEM
FROM notas_fiscais
GROUP BY CPF, YEAR(DATA_VENDA)
HAVING count(CPF)>2000 AND YEAR(DATA_VENDA) = 2016;
Veja também:
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Qual diferença entre where e having?
Ambos funcionam como se fossem um if, ou seja, filtram linhas do banco de dados.
O WHERE funciona direto na linha, já o HAVING funciona em resultados de agregadores de linhas, o mais usado é com o GROUP BY.
Pesquisando concluí que realmente é esperado que o seu uso sem um agregador funciona como um WHERE, não é uma coincidência, apesar de ser uma liberalidade, não há nada na especificação que diga que deva ser assim. De acordo com o Jefferson Almeida em comentário abaixo, fazer assim não é portável entre o padrão SQL.
Tem quem prefira até evitá-lo, usando subquery e outros mecanismos, aplicando o WHERE nesse resultado.
É realmente importante perguntar já que esse é um dos casos que funcionar pode não ser o certo, embora eu não consiga imagina que problema possa causar nesse caso. Já usar WHERE quando quer filtrar o agregado não funciona.
Maniero
https://pt.stackoverflow.com/questions/211794/qual-diferen%C3%A7a-entre-where-e-having#:~:text=Uma%20vez%20que%20cl%C3%A1usula%20Where%20realiza%20a%20filtragem,de%20interagir%20com%20elementos%20criados%20durante%20a%20consulta.
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WHERE vs HAVING
https://stackoverflow.com/questions/2905292/where-vs-having
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HAVING vs. WHERE in SQL: What You Should Know
Author's photo - Ignacio L. Bisso
https://learnsql.com/blog/sql-having-vs-where/
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[]'s,
Fabio I.
