No momento em que você não permite a repetição de números na array segredos, então o ' break; '
se torna inútil né, pois ao varrer a array para verificar se o usuário acertou, nunca irá aparecer duas ou mais vezes "acertou"
if(input.value == segredos[posicao]) {
achou = true;
alert("Você ACERTOU!!!");
break;
}