Se eu entendi corretamente, importar não seria um problema. O problema seria você criar um banco novo com uma nova estrutura para o seu sistema.
Isso seria um problema por dois motivos:
1 - Você não vai querer começar do zero, vai querer aproveitar o passado. Então precisaria migrar os dados existentes.
2 - Para aproveitar o passado, precisaria ter a documentação do banco (tabelas, descrição dos campos) para poder montar um "de/para" para migrar da estrutura antiga para a estrutura nova. Dependendo do tamanho do banco, se não houver alguma documentação, uma referência por menor que seja, o trabalho não seria simples, já que você vai ter o trabalho de montar a nova estrutura de dados e fazer a conversão depois de entender como as tabelas atuais funcionam.
Além disso, se você quer uma nova estrutura para o seu banco e quer manter o sistema, teria o trabalho de migrar o banco e alterar a programação. Isso pode ser uma dor de cabeça. Então o que o colega comenta na resposta anterior faz sentido (começar de novo)
Agora, se você quer manter o sistema, mas deseja algo a parte, como por exemplo um dashboard, talvez seja viável exportar os dados para outro banco e montar esses relatórios sobre a nova base, já que isso seria algo a parte, sem impactar sua estrutura atual. Tudo depende da complexidade das tabelas.
O ideal nestes casos seria montar primeiro o banco, e com base na estrutura, prototipar as consultas que serão feitas, para validar a estrutura. Quando isso estiver OK, desenhar as novas telas e depois fazer a programação.
