Na sua query, a coluna "aluno_id" faz parte da tabela de "resposta". Esta tabela está com o alias (apelido) "r".
Os vinculos estão desta forma:
A tabela de resposta (r) foi vinculada com a tabela notas (n)
A tabela de exercicio (e) foi vinculada com a tabela resposta (r)
A tabela de exericios (e) foi vinculada com a tabela secao (s)
A tabela de secao (s) foi vinculada com a tabela curso (c)
A tabela de aluno (a) foi vinculada com a tabela de resposta (r)
Você pode fazer um vinculo direto entre elas para testar, algo como
select * from resposta r inner join aluno a on a.id = r.aluno.id
Antes e depois do INNER JOIN eu tenho tabelas com alias. Depois do ON eu tenho os campos das duas tabelas usadas no join, estes campos são aqueles que tem as informações que são comuns a ambas as tabelas.