Fernanda, a analise de texto dos dois é bem parecida, porém o Yoast tem menos critérios que o Google. Tanto é que você otimiza com base em uma palavra chave específica, o Google não, ele analisa o conteúdo no geral.
O Yoast dá dicas, mas ele não tem como considerar todos os aspectos de SEO internos dos algoritmos do Google. É uma ótima ferramenta, mas ela tem suas limitações.
Sobre o ACF não ser detectado pelo Yoast, parece que outras pessoas também tiveram o mesmo problema, há um link de uma discussão no GitHub: https://github.com/Yoast/yoast-acf-analysis/issues/14
O interessante é que parece que a mesma equipe que produz o Yoast, também produz o Yoast para o ACF. Então a solução pode depender apenas de uma pequena atualização dos plugins.