Felipe, normalmente o webgrind busca os arquivos no diretório onde configuramos o xdebug.profiler_output_dir.
Honestamente ainda não testei o webgrind com Xdebug então provavelmente o problema está no fato da configuração agora se chamar xdebug.output_dir.
Então vamos pra solução simples: Na página do webgrind ele exibe uma mensagem. Algo como:
Select a cachegrind file above
(looking in /private/tmp/ for files matching /^cachegrind\.out\..+$/)
No lugar de /private/tmp vai estar o caminho onde o WebGrind vai buscar os arquivos de profiling. Configura seu output_dir pra essa pasta e clica pra atualizar o webgrind. Isso deve fazer ele encontrar.