O que seria conflito?
Para esse tipo de desenvolvimento com Web / Mobile algumas perguntas devem ser respondidas:
- Mobile Será On-Line e Off-Line ? (Ai sim daria valor ao não relacionais), presumindo que teria que existir um banco off-line no mobile. Com exceção a isso , ou uma particularidade muito diferente da aplicação, sempre considero o Banco relacional.
Sobre qual banco utilizar: Depende do orçamento e disponibilidade de verbas que está disposta a gastar, levando em consideração que ambos proporcionam o mesmo resultado final. Desde Oracle, Sql Server, DB2 IBM pagos. Até MySql Gratuito. Para grandes volumes de dados utilizo o Oracle pelas ferramentas administrativas que é disponibilizada.
E qual servidor? Depende da quantidade de usuário e acessos que essas aplicações terão.