Minha dúvida é porque não utilizar o vundle no lugar do pathogen?
Qual deles você prefere e porque você acha que é melhor que o outro?
OBS: Existe algo mais novo que o vundle?
PS: Pelo que vi tirando as particularidades de ambos como gerenciadores de plugins, o vundle, achei que acaba tendo algumas vantagens, já que no .vimrc, você tem a lista dos plugins que estão instalados e sendo utilizados, além disso é possível atualizar a lista de plugins mais rápidamente.