Oi Leonardo,
sim, eles colocam esse limite para que você possa usar free. Inclusive você vai ter um limite de 25 entidades, 25 intenções e 12 workspaces.
O que você pode fazer é ver se a sua universidade tem algum tipo de parceria com a IBM e se por esse canal conseguem te liberar para que termine o TCC.
Além disso, eu consigo enxergar uma reestruturação de projeto para que você consiga ficar dentro desse limite. :/
Tente reduzir o número de entidades ao máximo, veja o que dá pra juntar.
Além dessas duas alternativas, se isso estiver de acordo com o Watson, você pode usar outro workspace e acessar mais de um workspace no seu código. Mas eu não sei se desse modo ainda tem limite de entidades ou não.
E você sempre pode usar uma das opções free de chatbot, uma bem legal é o Dialogflow.
Eu sei que não posso resolver esse limite com uma mágica, mas veja se algo do que eu falei te ajuda a solucionar e qualquer coisa que eu puder ajudar, pode mandar aqui no fórum que vamos vendo.