O SCRUM não impõe essas limitações. A única limitação sobre o assunto que ele impõe é que o dev team tem de ter 3 a 9 pessoas e todos trabalharem para entregar o mesmo produto.
Você pode aplicar o SCRUM sim! Mas é lógico nesse cenário o Scrum Master vai ter mais trabalho do que o cenário anterior. Se o Scrum Master ver que não vai dar conta aí o ideal seria criar 2 times Scrum com um Scrum Master em cada (trazer um novo Scrum Master nada de aproveitar alguém da equipe) e o PO pode ficar trabalhando nesses dois projetos sem problema nenhum.
Se existem outros métodos além do Scrum, sim existem. Temos o Feature Driven Development (FDD), eXtreme Programming (XP), Microsoft Solutions Framework (MSF), Dynamic System Development Model (DSDM), PMBOK Agile entre outros.
O Scrum é sem dúvida o mais popular seguido pelo PMBOK Agile que é uma vertente ágil do PMBOK ou o eXtreme Programming. Cabe a você decidir qual o melhor método que quer utilizar. No trabalho uso um Scrum adaptado onde não sigo todos rituais do Scrum. Já usei também PMBOK adaptado, e o Kaizen do Lean Manufacturing (esse puro no estilo Toyota mesmo) com os três atingi meus objetivos.
Acredito que o Framework de Projetos ideal é a gente que constrói pegando um pedacinho de cada ideia e criando algo que sirva para a equipe/empresa/cliente.