Boa tarde Carine, tudo bem ^^
A varinha mágica no Illustrator tem propriedades bem semelhantes da do photoshop, então quando você alterou as cores para a sua ilustração você deve estar com tonalidades próximas de azul ou da outra cor que você esta usando no personagem. Tente fazer o seguinte.
Vá na varinha mágica e de dois cliques rapidos para selecionar a ferramenta.
Vai abrir uma janela flutuante com as configurações da ferramenta, muda o valor da tolerancia (TOLERANCE) para mais baixo do que 32, mude para 10 por exemplo.
Esta propriedade define a tolerancia nas tonalidades que a varinha vai reconhecer, quanto mais baixo o valor mais restrito é a tonalidade de cor que ela seleciona, então mesmo que seja um azul mais claro ela evita de selecionar por que tem uma tolerancia mais baixa a essas modificações. Assim você deve conseguir selecionar só os objetos com a mesma cor e tonalidade.
Se mesmo assim as cores ainda forem muito próximas outra forma de você passar por isso é fazendo a seleção manual dos objetos, pressionando SHIFT e selecionando cada um que você tem interesse manualmente, é na verdade a forma mais usada, mas o que vai te diferir de outros profissionais é exatamente saber usar esta ferramenta da varinha magica a seu favor, quando for possível claro.
OBS: E parabéns por mudar a paleta de cores e aplicar da forma que você deseja, eu sempre aconselho criar da sua maneira os exercícios =D até para identificarmos esses problemas que podem surgir em um trabalho.
Um arbaço e bons estudos