Eu estava tendo o mesmo problema que Joao do seguinte forum: https://cursos.alura.com.br/forum/topico-variavel-basefolder-da-classe-filesaver-retornando-caminho-diferente-do-criado-no-eclipse-65087
Um instrutor passou a segiunte orientação: Para corrigir isso, precisamos dar duplo clique no Tomcat da aba Servers e usar a opção Use Tomcat installation (takes control of Tomcat installation). Essa opção, "toma conta" do Tomcat, usando o diretório original e não uma cópia do workspace.
Pois bem, feito isso, subi minha aplicação denovo para o tomcat dei o clean antes de tudo e agora minha aplicação nem roda no servidor. Quando vou acessar qualquer pagina ele me retorna um 404, alguma sugestão? obs: Se eu volto para a opção que estava marcada anteriormente a aplicação volta a rodar normalmente.