Hm, pelo que vi, você não tem uma instrução de env_file para o dockerfile, então você ia precisar definir cada uma delas pela instrução env mesmo ou colocar uma instrução de leitura de arquivo direto no CMD como um dos passos do build da imagem.
No docker-compose, dentro da chave do serviço, você pode colocar um env_file apontando pra um arquivo com todas as definições de variáveis de ambiente que devem estar disponíveis dentro do container.
version: "3"
services:
app:
image: node:8
env_file: .env
dessa forma, o docker-compose vai ler o arquivo .env no meu diretório e configurar as variáveis que vão estar no formato já conhecido: chave = valor.
MYSQL_DATABASE=instalura
Se as variáveis que você precisa, só precisam estar dentro do container, o docker-compose resolve seu problema. Se precisar delas dentro do build, ai você vai precisar de outra estratégia como mencionei acima.